指南

科学数据

检索科学数据记录，并查看数据库明确给出的论文关联。

读论文时，Agent 还可以查找研究涉及的数据集、测序实验、研究项目、基因、蛋白质和化合物。每类对象保留原生标识和字段，供后续查看方法、规划实验或使用领域工具分析。

从论文取得关联数据

让 Agent 使用已有的 paper_info，显式请求 data：

paper_info("PMID:26826244", include="detail,data")

响应包含论文及数据库明确记录的关联。使用通常的论文工具即可，无需额外配置。核心 MCP 保持六个工具，启用 research 时仍为八个。

通过 CLI 或 Python 独立查询

直接查找数据集、基因或蛋白质时，CLI 和 Python API 复用同一后端：

scholar-mcp data 'TP53[Gene Name] AND human[Organism]' --kind gene
scholar-mcp data-info NCBIGene:7157
scholar-mcp data-info UniProt:P04637
scholar-mcp data-info PubChem:2244
scholar-mcp info PMID:26826244 --data

第一条使用 NCBI 查询语法检索基因，随后读取人类 TP53 基因、对应的 UniProt 蛋白记录和阿司匹林的 PubChem 属性。最后一条取得数据库对论文声明的关联，包括 GEO 数据记录。数据库关联提供继续调查的入口；具体如何使用数据，应结合论文的方法和数据可用性说明判断。

`kind`	数据源	原生标识示例
`dataset`	GEO、Zenodo	`GEO:GSE68849`、`Zenodo:ID` 或 Zenodo DOI
`sequence`	NCBI SRA	`SRA:SRX1165323` 或 run accession
`project`	NCBI BioProject	`BioProject:PRJNA293818`
`gene`	NCBI Gene	`NCBIGene:7157`
`protein`	UniProtKB	`UniProt:P04637`
`compound`	PubChem	`PubChem:2244`

Python 函数 api.search_data(query, kind="dataset", source="", limit=10) 返回有界的第一页，最多 50 条，source 可指定其中一个来源。各数据库内部保留原有顺序，多来源交替呈现。api.data_info(data_id, limit=20) 接受原生标识和官方记录链接，最多返回 100 条已声明关系。这两个入口只作为 Python 函数和 CLI 命令提供。

检索返回简洁的身份卡片、最多 1,200 字符的描述及文件和关系数量；description_truncated 标记被缩短的描述。使用 api.data_info 再取得原生 properties、文件指针 files、关系 relations 和来源 provenance。关系带证据链接。SRA run 可以解析到所属实验，同时保留经过来源确认的 run 别名。同名的不同类型对象继续保持各自身份。

与已有管线共用底层能力

from scholar_mcp import api

hits = api.search_data("gene_exact:TP53 AND organism_id:9606", kind="protein")
for hit in hits["objects"]:
    record = api.data_info(hit["id"])
    print(record["object"]["id"], record["object"]["properties"])

linked = api.info("PMID:26826244", include="detail,data")

批量任务可以复用这些函数，并以返回的原生 ID 保存进度。科学对象保持自己的类型和标识，不会自动进入个人论文库。请求、跨进程来源节流、有界并行和持久缓存都沿用现有基础设施；部分来源失败时，已得到的有效结果仍会返回。

文件指针保留来源提供的大小、校验值和格式。这些接口读取元数据，不自动下载原始测序数据，也不将元数据可见性等同于文件访问权限。普通 paper_info 只有显式请求 data 才查询科学数据库。目前论文关联使用已核实的 PubMed 身份，以及 NCBI 到 GEO、SRA、BioProject、Gene 的原生链接。响应会区分来源失败和有效的空结果。

接口依据：NCBI E-utilities、UniProt、PubChem PUG REST、Zenodo。